sábado, 15 de agosto de 2020

La pandemia

El mapa del coronavirus en el mundo: así evolucionan los brotes día a día

Indicadores clave para seguir los nuevos casos de covid-19

Han pasado más de seis meses desde los primeros casos oficiales de coronavirus en China. Ahora los contagiados se cuentan por millones y los muertos son más de 500.000. Aunque en Asia parecen haber controlado la pandemia, todavía hay brotes activos en medio mundo.
En el mapa de arriba actualizamos la situación diaria del virus y la vuelta a la normalidad. Medimos el ritmo de crecimiento del virus (R), su incidencia (la media semanal de casos por millón de habitantes) y la movilidad de las personas, con datos de Google y Apple. En el gráfico a continuación se puede ver la evolución: el área muestra la movilidad en cada país con respecto a enero y las líneas, el ritmo de los contagios. Los colores funcionan como un semáforo: están en verde los países con buena movilidad, baja incidencia y escasos contagios, en naranja los que están en una situación intermedia, y enrojo los peores: donde los casos son muchos y el virus se expande rápido.
Actividad y casos por millón; situación positivaregular y negativa
En la siguiente tabla mostramos los datos acumulados, en números absolutos, de muertes y de positivos, además de la curva con la evolución de fallecimientos diarios. Incluimos más de 80 países que han registrado 500 casos en al menos dos semanas de brote.
En tres meses el virus ha colapsado ciudades y regiones en los cinco continentes. A continuación repasamos la situación del brote en cada uno y la actualizamos diariamente. Los gráficos muestran la evolución del número de fallecidos y casos confirmados en cada país. Usamos una escala logarítmica (donde la distancia de 1 a 10 es igual que de 10 a 100), porque captura mejor la naturaleza de una epidemia: se multiplica. También mostramos la evolución del número reproductivo, que representa el número de personas que en media contagia cada enfermo. El objetivo de todos los países es hacer que ese número sea menor que 1. Entonces el brote empezará a remitir.

Asia

Los primeros infectados se detectaron en enero en China. Al principio, los casos y las muertes se duplicaban cada dos días, pero en febrero las medidas de aislamiento extremo comenzaron a tener efecto y el brote acabó por ser contenido. A principios de abril los habitantes de Wuhan, epicentro del primer foco, salieron del bloqueo con aún muchas restricciones. En Corea del Sur también han frenado la epidemia. Japón y Singapur actuaron pronto y ralentizaron al virus, aunque no está claro que lo hayan parado.
Fallecidos acumulados (en escala logarítmica) y evolución estimada en cada país de Asia.

Europa

En febrero se identificaron los primeros contagiados en Italia. En una sola semana las autoridades pasaron de detectar 20 casos a contabilizar los primeros 20 muertos. El virus llevaba tiempo allí. A principios de marzo, el Gobierno italiano confinó a la población para poder luchar contra un virus que desbordaba los hospitales. Una semana después España siguió a Italia decretando el estado de alarma con 5.000 casos detectados y más de 100 muertos. Semanas después ambas parecen haber controlado sus brotes pero todavía cuentan por decenas los muertos diariamente. Alemania, Francia, Reino Unido o Bélgica, aun con menos fallecidos, viven una situación parecida: no han superado por completo la meseta y los muertos siguen llegando.
Fallecidos acumulados (en escala logarítmica) y evolución estimada en cada país de Europa.

América

América ha pasado de ver el virus a lo lejos a tener una de las situaciones más preocupantes. En Estados Unidos superó hace tiempo el millón de casos y registra todavía miles de muertes diarias. En Latinoamérica la llegada del virus fue más tardía y las medidas de confinamiento muy tempranas en muchos países, pero sigue siendo una enorme amenaza. Hay países donde mediado mayo todavía registraban un virus en crecimiento, como México, Perú o Brasil.
Fallecidos acumulados (en escala logarítmica) y evolución estimada en cada país de América.

Resto del mundo

África sigue siendo una incógnita. Los datos registran brotes en muchos países. En Oceanía los muertos no llegan a la centena. Australia y Nueva Zelanda se confinaron temprano y están entre los países que han sido capaces de controlar el virus de forma más eficaz.
Fallecidos acumulados (en escala logarítmica) y evolución estimada en cada país de resto del mundo.

METODOLOGÍA Y FUENTES

Los datos nacionales son del Center for Systems Science and Engineering (CSSE) de la Universidad Johns Hopkins. Para España usamos los datos del Ministerio de Sanidad.
Inicio del brote. Para fijar la fecha del inicio del brote de cada país hemos tomado el día que se alcanzaron 100 casos en el país.
El número reproductivo R. Para calcular el número reproductivo del virus en cada momento utilizamos el paquete EpiEstim de R. Para cada país o región y día consideramos el incremento diario absoluto de casos y muertes en cada lugar de los últimos siete días. Suponemos un tiempo entre contagios medio de 4,7 días con una desviación típica de 2,9 de forma similar a la de este trabajo de la London School of Hygiene & Tropical Medicine.
Tiempos duplicación. Hemos estimado el tiempo de duplicación de cada país (y cada comunidad autónoma) para cada día. Para hacerlo tomamos una ventana de nueve días alrededor de cada fecha y ajustamos una curva exponencial, de la que tomamos el valor de tiempo de duplicación correspondiente. Nuestro cálculo es similar al de este trabajo.
Movilidad. Para medir el funcionamiento de la sociedad usamos dos fuentes de datos de movilidad agregados y anonimizados: los que ofrecen Google y Apple.
Los datos de Google se publican en su informe de movilidad. Detallan los movimientos de personas que van hacia distintos lugares (supermercados, trabajo, estaciones, parques, etc.). Es la misma información que el buscador usa para medir las horas punta en los sitios. Appleestá publicando cada día la variación en los viajes a pie y en coche de los usuarios de Apple Maps.
Para calcular nuestro indicador, calculamos una media ponderada donde Google tiene mayor peso: sus datos incluyen los desplazamientos de los usuarios que usen móviles Android, mientras que los de Apple solo a quienes utilicen la aplicación de Maps.
Luís Sevillano Pires ha colaborado en la elaboración del mapa.
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